Den officiella kommer från haverikommissionen. De andra handlar vanligtvis om att fartyget sprängdes och att politiker, myndigheter och medierna mörklägger sanningen. Enligt den gemensamma haverikommissionen från Estland, Finland och Sverige berodde haveriet på att bogvisirets lås och fästen slets sönder av kraftiga vågor runt klockan 01.00 lokal tid på olycksnatten. En kvart senare föll bogvisiret av helt och öppnade i fallet bilrampen så att bildäcket var helt oskyddat. Haverikommissionen ansåg att Estonia gick för fort i det hårda vädret, och om besättningen uppmärksammat vad som höll på att hända hade de kunnat vända fartyget bort från vind och vågor, vilket skulle ha gett övriga fartyg i området tid att hinna fram. Sjönk för snabbt Det finns en omfattande kritik mot kommissionens slutsatser och främst handlar kritiken om att det fortfarande inte finns en heltäckande förklaring till varför Estonia sjönk på omkring en timme. Luften som fanns runt om i fartyget borde ha hållit henne flytande mycket längre. – Jag tycker fortfarande att den olycksorsak som kommissionen stannade för är den rätta. Vi hade en rad tekniker som presenterade teorier och vi litade på dem, säger Olof Forssberg som var ordförande i den svenska haverikommissionen under utredningen. Han tvingades avgå innan slutrapporten presenterades när det framkom att han ljugit för en journalist om ett dokument. Sänktes? Efter utredningen avslöjades det att Estonia använts för att smuggla krigsmateriel från forna Sovjetunionen till väst. Enligt svenska myndigheter var det dock inte fallet vid fartygets sista resa, men avslöjandet ses ändå som en bekräftelse av alternativa teorier. De flesta handlar om att fartyget sprängdes, vilket den tyska journalisten Jutta Rabe försökte hitta bevis för när hon arrangerade dykningar vid Estonia. Problemet med de teorierna är att en kraftig explosion på ett fartyg av Estonias storlek borde ha märkts, men ingen av de överlevande har vittnat om något sådant. Teorierna bygger också på att ett mycket stort antal människor inom haverikommissionen, andra myndigheter, politiken och medierna känner till "sanningen", men väljer att mörklägga den.