Lewandowski var chefstränare för Leverkusen i Bundesliga tillsammans med Sami Hyypiä under säsongen 2012–13, men gick därefter tillbaka som ungdomstränare i klubben. När Hyypiä fick sparken 2014 tog Lewandowski under en kort tid över ansvaret på nytt. I september förra året tog han över i Union Berlin i den tyska andradivisionen, men drog sig tillbaka i mars på grund av utbrändhet.