"Omar al-Bashir och andra har delgivits misstanke om att ha drivit på och deltagit i dödandet av demonstranter", skriver åklagarmyndigheten i ett uttalande.
al-Bashir utreds sedan tidigare för penningtvätt och för att ha finansierat terrorism.
Beskedet kommer samma dag som Sudans militära övergångsråd och ledare för proteströrelsen i landet enats om hur ramverket för ett övergångsstyre ska se ut, uppger en talesperson för militärrådet, som tog över när al-Bashir tvingades från makten.
Överenskommelsen som bekräftats av protestledarna kommer efter flera dagars dödläge i förhandlingarna.
Polis och säkerhetsstyrkor använde under måndagen tårgas för att skingra demonstranter i huvudstaden Khartums norra delar. Avspärrningar som demonstranterna satte upp på en huvudgata i staden har tagits bort, uppger ett vittne för Reuters.
Det styrande militärrådet har upprepade gånger uppmanat demonstranterna att inte blockera vägar under förhandlingarna.
al-Bashir avsattes den 11 april efter att ha styrt Sudan med järnhand i 30 år.
Utrikes
13.5.2019
al-Bashir utreds för demonstranters död
Sudans före detta president Omar al-Bashir har delgivits misstanke om brott i samband med de protester som till slut fick honom på fall. Minst 65 demonstranter dödades då.