Ilunga, som avgick från sin ministerpost i juli efter att ha fråntagits rollen som chef för landets program för ebolabekämpning, greps i en lägenhet i huvudstaden Kinshasa.
Enligt polisen gömde han sig där inför ett försök att fly landet, trots att han förbjudits att göra det.
Ebolautbrottet i Kongo-Kinshasa har krävt fler än 2 000 liv sedan augusti 2018. Över 200 000 personer har vaccinerats.
Utbrottet är det näst värsta i historien efter det som drabbade Guinea, Sierra Leone och Liberia mellan 2014 och 2016, då över 11 000 personer miste livet.
Utrikes
15.9.2019
Ex-minister i Kongo-Kinshasa gripen – förskingrade ebolapengar
Den före detta hälsoministern i Kongo-Kinshasa, Oly Ilunga, har gripits misstänkt för att ha förskingrat allmänna medel som öronmärkts för kampen mot ebola.