27 000 militärer har kallats in för att hjälpa till i räddningsarbetet. Tv-bilder visar hur personer lyfts med helikopter från taken till de översvämmade husen.
Minst 14 människor har mist livet och nio saknas, uppger landets myndigheter enligt nyhetsbyrån AFP. Statliga nyhetsbyrån NHK rapporterar om 18 döda.
– Vi ser en fortsatt stor inverkan i människors liv, säger premiärminister Shinzo Abe, och lovar att kalla in fler räddningsarbetare om det skulle behövas.
Runt 150 personer har skadats i ovädret, som nådde Tokyoområdet på lördagen, enligt NHK. Fler än sju miljoner människor rekommenderades att evakuera inför ovädrets kulmen, däribland boende vid Chikumafloden.
– I centrala Tokyo var det helt okej, men utanför och i flodområdena har det varit katastrof, säger Tokyobon Sophia Watanabe till TT på söndagsmorgonen, lokal tid.
Fraktfartyg sjönk
Ovädret drog in över Tokyo på lördagskvällen, lokal tid. Watanabe följde utvecklingen via nyhetsrapportering och väderappar.
– Det var obehagligt, man kunde inte gå någonstans, det blåste verkligen rejält. Vi höll oss borta från fönstren, men vi hade tur, säger hon.
Ett Panamaregistrerat fraktfartyg uppges ha sjunkit sent på lördagskvällen i Tokyobukten där det hade legat för ankar. En person omkom, fyra personer räddades och sju personer fortfarande saknas, uppger kustbevakningen enligt nyhetsbyrån Kyodo.
På väg bort
Tåg- och flygtrafik stod till stor del stilla under lördagen, men trafiken har börjat återupptas igen på söndagen, även om hundratals flyg ställdes in även på söndagen, och att Tokyos tunnelbana inledningsvis hölls stängd på söndagsmorgonen.
– Regnmängder utan tidigare motstycke har setts i städer och byar där varningar har utfärdats, sade meteorologen Yasushi Kajiwara enligt AFP.
Enligt den japanska vädermyndigheten är den nu försvagade Hagibis på väg ut över Stilla havet.
Efterdyningarna tvingade dock arrangörerna av rugby-VM att ställa in ytterligare en match, mellan Namibia och Kanada.