På de två första träningarna i Abu Dhabi klockades britten för bästa varvtiden hittills på Yas Marina-banan.
Sebastian Vettel, tvåa i sammandraget, var näst snabbast. 0,149 sekunder efter.
-Det var nära och jag tror att det kommer att vara nära i morgon också, säger tysken inför den sista träningen och kvalet.
Ferraris Kimi Räikkönen var fyra och Hamiltons stallkamrat Valtteri Bottas femma på fredagens träning.
Hamilton avgjorde förarmästerskapet i oktober i Mexiko. Eftersom även konstruktörsmästerskapet är avgjort förbereder sig många stall inför kommande säsong. En del testade cockpitsystemet Halo som införs nästa år för att skydda förarna från kringflygande föremål.