Han avgår "för att vila från sina nuvarande plikter och ansvarsuppgifter", står det i uttalandet. En ny ledare kommer att utses inom sju arbetsdagar.
Presidenten, som handplockats av landets egentliga ledare Aung San Suu Kyi, är statsöverhuvud på grund av en paragraf i konstitutionen som militärledningen lade till när den lämnade ifrån sig makten.
Det har spekulerats i lokala medier de senaste månaderna om att presidentens hälsa är dålig, uppgifter som hans medarbetare dementerat.
Förra året spreds falska rykten om presidentens avgång.
Utrikes
21.3.2018
Burmas president avgår
Burmas president Htin Kyaw avgår med omedelbar verkan efter två år på posten, enligt ett uttalande som lagts upp på presidentens officiella Facebooksida.