Presidenten har tappat allt fler allierade på grund av sitt kontroversiella beslut. Flera kongressledamöter från Kuczynskis parti, liksom kulturministern, har avgått i protest.
Den 79-årige före detta Wall Street-handlaren Kuczynski väntas meddela sin avgång i ett tal till nationen senare under onsdagen lokal tid, uppger en tredje regeringskälla.
Fujimori avtjänade ett 25-årigt fängelsestraff för att bland annat ha beordrat massakrer och för korruption. Benådningen ledde till omfattande protester i landet.
Utrikes
21.3.2018
Regeringskällor: Perus president avgår
Perus president Pedro Pablo Kuczynski har lämnat in en avskedsansökan till kongressen, uppger två regeringskällor. Bakgrunden är anklagelser om att han benådade den auktoritäre exledaren Alberto Fujimori i utbyte mot nedlagda röster, för att inte bli avsatt i kongressen.